Організм людини населяють понад 1000 видів бактерій, близько 50 вірусів і понад 20 видів найпростіших.
Насправді всі багатоклітинні організми мають складні екосистеми, в яких весь зовнішній (відкритий) епітелій колонізований значною кількістю мікроорганізмів. Думка про те, що нормальна мікробіота не відіграє жодної ролі в нормальному функціонуванні нашого організму, є більш, ніж наївною. Як ми бачили, мікроорганізми відчувають своє навколишнє середовище і реагують на його зміни. Вони синтезують і переробляють біоактивні сполуки і мають метаболічні властивості набагато різноманітніші за ті, що закодовані в геномі людини. Було б по-справжньому дивовижно, якби наші мікробіоми були просто свідками функціонування людини.
Зараз багато дослідників вважають, що ми повинні об’єднати хазяїв та їх мікробіоми у супер організми. Цей термін означає, що геном людини і геноми всіх мікробів, носіями яких є ми, забезпечують краще розуміння функцій людини.
Нормальна мікрофлора людського тіла поділяються на 2 групи:
1)постійна (резидентна), специфічна для даного біотипу; 2)тимчасова, занесена з інших біотипів хазяїна або з оточуючого середовища (заносна). В різних ділянках тіла вона неоднакова, оскільки кожний біотоп характеризується своєрідним умовами для існування мікроорганізмів. Найбільше епідеміологічне значення мають представники мікробних угрупувань шкіри, верхніх дихальних шляхів, шлунково-кишкового тракту, сечо-статевих органів. Методи дослідження мікрофлори різних біотипів значною мірою відрізняються між собою. Дослідження мікрофлори людини проводять при діагностиці ендогенних інфекції, десбіозів, бактеріоносійства.